Ο Ιωάννης Μαλαφής γεννήθηκε στη Χίο το 1963.
Απόφοιτος της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών με ειδίκευση στην ακτινοδιαγνωστική είναι διευθυντής στο ακτινοδιαγνωστικό τμήμα του Σκυλίτσειου Νοσοκομείου Χίου.
Γιος του ιερέα Μάρκελλου και της Μαρίας Μαλαφή, μέλος πολύτεκνης οικογένειας, έχει τρία ακόμη αδέλφια, τον Παναγιώτη, την Ανθούλα και τον Ηλία. Είναι παντρεμένος με την Αγγελική Νύκτα και έχουν μία κόρη τη Μαριλένα, φοιτήτρια Ιατρικής.
Η αυτοδιοικητική του πορεία ξεκινάει το 1994 από τη Νομαρχία, όταν εκλέγεται Νομαρχιακός Σύμβουλος με τον αείμνηστο πρώτο αιρετό Νομάρχη Γιώργο Καλουτά.
Το 1998 και σε ηλικία μόλις 35 ετών εκλέγεται Δήμαρχος στον νεοσύστατο Καποδιστριακό Δήμο Αμανής όπου παραμένει για 8 χρόνια.
Τον Οκτώβριο του 2006 εκλέγεται Δήμαρχος Ομηρούπολης και Πρόεδρος της Τοπικής Ένωσης Δήμων και Κοινοτήτων Νομού Χίου(Τ.Ε.Δ.Κ) και το 2011 Περιφερειακός Σύμβουλος.
Απέχει συνειδητά για 12 ολόκληρα χρόνια από την τοπική αυτοδιοίκηση και αποφασίζει να συμμετέχει στις αυτοδιοικητικές εκλογές του Οκτωβρίου του 2023, όπου ο λαός της Χίου τον εκλέγει Δήμαρχο με ποσοστό 62,27%.