Ο ιδρυτής της «Κιβωτού» και επτά ακόμη πρόσωπα παραπέμπονται σε δίκη την Τρίτη 5 Σεπτεμβρίου 2023, ενώπιον του Τριμελούς Πλημμελειοδικείου Αθηνών για συνολικά 10 πλημμελημματικές κατηγορίες που φέρονται να τελέστηκαν από τον Απρίλιο του 2018 έως τον Αύγουστο του 2022, σχεδόν έναν χρόνο μετά τις καταγγελίες και τις υποτιθέμενες αποκαλύψεις (οι περισσότεερς αποδείχτηκαν αίολες) που είδαν το φως της δημοσιότητας και προκάλεσαν σοκ και οργή στην κοινή γνώμη.
Ο πατήρ Αντώνιος παραπέμπεται σε δίκη με την κατηγορία της βαριάς σωματικής βλάβης σε βάρος παιδιών που φιλοξενούνταν στην «Κιβωτό του Κόσμου», καθώς και με την κατηγορία της ηθικής αυτουργίας σε σωματικές βλάβες, αφού φέρεται πως είτε γνώριζε είτε «υπαγόρευε» τις κακοποιητικές συμπεριφορές από τους συγκατηγορούμενούς του πρώην υπαλλήλους της Οργάνωσης.
Βέβαια και τι δεν ακούσαμε, από τον Αρμαγεδώνα της κατευθυνόμενης προπαγάνδας και της παραπληροφόρησης. Για κακοδιαχείριση και διασπάθιση εκατομμυρίων ευρώ, για υπέρογκες καταθέσεις και για ασέλγεια κατά ανηλίκων. Όλα αυτά σήμερα έχουν μετατραπεί σε κακοποίηση ανηλίκων (καταναγκαστική εργασία και τιμωρίες), δείγμα του ότι υπήρχε ενορχηστρωμένη ποροσπάθεια εξώντωσης του πατήρ Αντωνίου. Μένει να αποδειχτεί πως και αυτές οι κατηγορίες είναι κατασκευασμένες, κάτι που ο ιδρυτής της Κιβωτού υποστηρίζει.
Σύμφωνα με πληροφορίες από το περιβάλλον του, ο πατήρ Αντώνιος είναι έτοιμος για το δικαστήριο, ενώ σε δήλωση του στο Star υποστήριξε: «Συνεχίζω να ανεβαίνω τον Γολγοθά έως την πλήρη δικαίωση. Ουδέν ψευδέστερον ότι υπήρχαν βιαιοπραγίες στα παιδιά. Οι μάρτυρες θα μιλήσουν. Η αλήθεια θα ακουστεί για άλλη μια φορά».